Cancro, dimmi da dove vieni

Un gruppo di ricerca ha sviluppato un metodo con il quale è possibile risalire alle origini degli antenati dei pazienti da dati molecolari ricavati dall’analisi del tumore stesso.

Esiste un ambito specifico della ricerca sul cancro che studia i legami tra la malattia e le origini degli antenati dei pazienti. I risultati di uno studio, pubblicati sulla rivista Cancer Research, sembrano poter contribuire alle indagini in questo campo. Come? Grazie a un metodo computazionale in grado di ricavare l’ascendenza dei pazienti (e in particolare il continente di origine) direttamente da dati estratti dal tumore. “Perché la frequenza con cui le persone sviluppano diversi tipi di cancro cambia a seconda della loro etnia?” si chiede Alexander Krasnitz, del Cold Spring Harbor Laboratory negli Stati Uniti, e ultimo autore dello studio. “Individui di etnia diversa possono avere diverse abitudini, condizioni di vita, precedenti esposizioni a fattori esterni: tutti fattori di rischio sociali e ambientali. Ma a determinare il rischio di ammalarsi potrebbero contribuire anche componenti ereditarie”.

Numerose osservazioni epidemiologiche indicano che in più tipi di cancro l’etnia possa essere determinante nel definire incidenza, decorso clinico ed esiti della malattia. “Pertanto, queste caratteristiche devono essere prese in considerazione nell’analisi dei dati molecolari del cancro” scrivono i ricercatori, sottolineando come diversi studi indichino l’esistenza di differenze nella composizione genetica e molecolare di un tumore in gruppi di diverse origini.

Le analisi che riguardano l’ascendenza possono essere basate anche sulle dichiarazioni in merito rilasciate dai pazienti stessi. Sembra però che solo il 17 per cento riporti in modo corretto la propria etnia. Le reticenze delle persone di fronte a questo tipo di richieste può essere dovuta al fatto che il tema è molto delicato e che, soprattutto negli Stati Uniti, la discriminazione razziale è ancora percepita come un problema molto forte da una parte significativa della popolazione. Un’altra ragione per cui le persone non rispondono, o rispondono in modo incompleto o incorretto, potrebbe risiedere nel fatto che sono spesso costrette a selezionare la propria etnia da una lista con poche categorie. Ciò rende complicato risalire a informazioni ancestrali complete soprattutto nei frequenti casi di ascendenza mista.

Un’altra possibilità, che potrebbe dare risultati più affidabili, è fare ricorso ad analisi che richiedono dati genetici ottenuti da individui non affetti da cancro di cui è nota l’ascendenza. Questa possibilità non è tuttavia sempre utilizzata perché poco agevole, anche per delicati aspetti di privacy.

Il gruppo di ricerca statunitense di cui si è detto in apertura ha ideato un metodo, implementato poi in un software chiamato RAIDS (Robust Ancestry Inference using Data Synthesis), per dedurre in modo accurato l’ascendenza, almeno a livello di continente, a partire solo dalle informazioni molecolari raccolte da campioni del tumore stesso. Per farlo hanno utilizzato diversi tipi di dati, tra cui insiemi di sequenze di DNA e RNA tumorali e di genomi di popolazioni di riferimento. L’approccio è stato poi sperimentato su campioni di pazienti con ascendenza nota, con quattro tipi di cancro – tre erano tumori epiteliali (adenocarcinoma pancreatico, cistoadenocarcinoma ovarico e carcinoma al seno) e uno era tipo ematopoietico (leucemia mieloide acuta).

Grazie a questo approccio, la grande quantità di campioni tumorali conservati nei diversi centri clinici potrebbe, potenzialmente, essere utilizzata per studi sui legami tra la patologia e le origini ancestrali dei pazienti. Per effettuare tali studi non servirebbero né le dichiarazioni dei pazienti sulla propria etnia, spesso mancanti o inaffidabili, né analisi con genomi di persone senza cancro, spesso non attuabili.

Tuttavia, come precisa Krasnitz, pochissimi individui provengono da un unico lignaggio. “Attualmente stiamo quindi lavorando per guardare più in profondità, analizzare campioni tumorali di origini sconosciute, identificare combinazioni ancestrali e ottenere una maggiore specificità regionale” spiega l’autore.

Molti sono gli aspetti da analizzare e approfondire, ma per gli autori il metodo, che può essere applicato a qualsiasi tipo di dato molecolare e quindi a diversi contesti oltre a quello tumorale (per esempio in archeologia, in ambito forense o paleontologico), potrebbe avere un grande impatto sullo studio dei legami tra il cancro e le proprie origini.